男爵石本新六中将は姫路藩士の家に生まれた。 妻は陸軍教授安達松太郎の娘で、次男寅三は陸軍中将、五男五雄は陸軍少将となった。 義理の甥に安達二十三中将がいる。

石本は安政の大地震の為一家殆どを亡くし、幼い頃より苦労したが、明治2年藩の貢進生としなり、大学南校に入学。同6年陸軍幼年学校に入校 し、同8年2月、陸軍士官学校士官生徒の第一期生となる（工兵科）。同校在学中に西南戦争に出征。工兵科の首席で 卒業後は、明治12年から15年までフランスに留学し、フォンテンブロー砲工学校を卒業。さらに同16年から20年まで イタリアに留学。

帰国後は、陸軍士官学校教官、参謀本部第二局員、陸軍大学校教官を経て陸軍省工兵課長となった。 工兵課長を約5年間務めた後、築城本部長に就任。やはり約5年間務め、明治35年4月、寺内正毅陸相の下で、 総務長官（次官）となる。その職に在ること実に9年5ヶ月、緻密な頭脳と堅実な事務能力で、寺内の寵遇を受けた。 日露戦争後、男爵。

明治44年8月、寺内の後任として、西園寺内閣に陸相として入閣。当時、陸軍にとって最大の 懸案であった二個師団増設問題で、財政整理を進めたい政府と、陸軍の板ばさみとなり、翌45年4月、59歳で急死した。 精励な彼は、死の間際まで事務を執っていた。この点において彼は部下から尊敬を受けたが、一方蓄財に熱心な事と 寺内に頤使される様は、一部の非難を招いた。